D'abord occupé par la tribu celte des Séquanes, le site prend son nom et son importance avec l'occupation romaine : "Colonia" (colonie) devient Coligny. Possédé ensuite par de puissants seigneurs, le fief donnera de grands hommes à l'histoire de France.Cette colonie romaine connut une activité notable, puisque sur la voie de communication entre Lugdunum (Lyon) et la Germanie et également sur la voie des Alpes. A l'époque carolingienne, quand se met en place la féodalité, les seigneurs Manassès s'imposent sous la suzeraineté des Comtes de Bourgogne (vers 863). L'époque la plus brillante de la seigneurie se situe entre le XIIe et le XIIIe siècles, marquée par une expansion foudroyante le long du Revermont jusque sur les rives du Rhône. Les sires de Coligny deviennent les gardiens de tous les passages conduisant des plaines de la Saône vers le Bugey.
Les Coligny comptèrent parmi les très anciennes familles de la noblesse française et formèrent plusieurs branches. La famille, éteinte à la toute fin du XVIIe siècle, a donné deux maréchaux, un lieutenant-général de l'infanterie et deux amiraux à la France, ainsi qu'un cardinal, un évêque de Beauvais et un archevêque de Lyon. Le plus illustre reste l'amiral de France Gaspard II de Coligny (1519-1572), fidèle courtisan des rois François Ier, Henri II et Charles IX. Il fut la première et la plus célèbre victime du massacre de la Saint-Barthélémy.
Le château féodal fut démantelé au XVe siècle par les troupes françaises de Louis XI : il n'en reste rien aujourd'hui. Toutefois, le passé médiéval peut encore se lire à travers certaines habitations. La place centrale se rapproche davantage de notre époque avec un ensemble architectural décidé en 1855, et qui comprend la grenette, la mairie, l'école (la Poste aujourd'hui) et le poids public.
Mais le plus admirable reste l'aiguayoir (1811). Ce grand bassin était destiné au bain des chevaux constituant les attelages qui empruntaient la ""voie du sel"" et qui faisaient halte à Coligny. Ils entraient dans l'eau jusqu'au ventre pour se laver et se rafraîchir. Il est alimenté par le trop plein de la fontaine des Tilleuls, dont l’eau claire vient de la source de Goubey. Dans l'aiguayoir, elle peut monter jusqu'à un mètre. Les visiteurs de la fameuse Foire bressane à l'ancienne (premier mardi d'août) peuvent admirer les chevaux comtois s'y ébrouant avec bonheur.
Concernant le patrimoine religieux, la commune possède un nombre non négligeable de croix, dont l'une agrémente le monument marial situé à l'entrée sud du village. Erigé en 1857 dans l'ancien cimetière, il est de style néogothique et présente dix-sept statues, dont les prophètes Moïse, David, Isaïe et Ezechiel, et en place centrale, la Vierge Marie.
Au centre du village, l'église Saint-Martin, en partie reconstruite au XIXe s. (nef) mais qui a conservé son choeur gothique du XVe siècle. Document de visite à l'intérieur.