Von der Franche-Comté in die Schweiz führt die EuroVelo 6 auf dem Rhône-Rhein-Kanal ins Elsass, wobei sie in ihrem südlichen Teil die beeindruckende Leiter der zwölf Schleusen von Valdieu-Lutran passiert. Nach der Ankunft in Mulhouse verläuft die Route weiter am Ufer des Rhône-Rhein-Kanals bis nach Kembs. Von dort aus über auf dem Treidelpfad des Canal de Huningue führt uns die Route über die Passerelle des Trois Pays nach Deutschland und dann in die Schweiz nach Basel.