Grâce à l'illustre Boissy d'Anglas, cette ancienne chapelle de l'hôpital Notre-Dame de l'Aumône, premier hôpital de la ville (1188), deviendra un lieu de culte officiel pour les protestants.Ces bâtiments appartenaient au protestant Jean Etoile, qui en 1650 vend les lieux aux jésuites, venus défendre les doctrines catholiques. Ces derniers firent une porte de communication avec le bâtiment voisin qui était la Chapelle de l’Aumône, appartenant au premier hôpital de la ville. Cette chapelle fut massacrée pendant les Guerres de Religion et restaurée en 1655, affectée à la congrégation des Pénitents Blancs, des catholiques, et ce jusqu’à la Révolution.