En réinterprétant le type du «chalet suisse » en vogue à l’époque, Gustave Alaux (1816-1882) signe les plans de cette maison créée en 1864. Comme pour ses deux voisines, « Faust » et « Siebel », le nom de Marguerite est choisi en hommage à Charles Gounod (un habitué d'Arcachon), dont l’opéra « Faust », créé en 1859, avait connu un grand succès en symbolisant le renouveau de l’art lyrique français.
La villa est louée en août 1880 par une richissime veuve russe, la baronne Nadejda von Meck, mécène du compositeur Tchaïkovski qu’elle ne rencontra d’ailleurs jamais.
Elle y séjourne avec les sept plus jeunes de ses onze enfants, ses domestiques et un trio de jeunes musiciens, dont un pianiste d’à peine dix-huit ans , Achille-Claude Debussy, qu’elle surnomme «Boussik». Il déchiffrera à la Villa la Quatrième Symphonie de Tchaïkovski et il nouera une idylle avec Sonia, fille de la baronne.