Commencée vers 1380, l'édifice est achevé en 1750. L'utilisation de différents styles : gothique et renaissance, illustre cette longue période de construction. La Collégiale fait l’objet d’une inscription au titre des monuments historiques.Selon la tradition, une statue de la Vierge, retrouvée dans les marais, aurait provoqué la construction d’une modeste chapelle, au XIe, en dehors de la cité. Cette chapelle étant en très mauvais état, il fut décidé de construire un nouvel édifice.
L’église commencée vers 1380 environ, devint Collégiale par une Bulle Papale du 10 des calendes d’avril 1530, par le Souverain Pontife Clément VII. On y travaillait encore vers 1750.
Assailli par une violente tempête qui le ramenait des Indes, un certain Pupunat, riche négociant importateur, fit le voeu de construire cette chapelle, s’il était épargné par la violence de ces éléments. Ce fut son héritier: Philibert Pupunat, chanoine chargé de la cure de St Maurice de Beynost, qui fit construire ces chapelles « Renaissance », somptueusement et à grands frais, ainsi que nous le rappellent les armoiries, les initiales PP et la date de 1530.
Si l’on retrouve ces décors avec plafond à caissons, entre autres, à la Villa Medicis à Poggio en Toscane, ce style de construction en France, ne se retrouve qu’à Montluel et Annecy.
A l’intérieur, dès l’entrée, on peut admirer un très beau bénitier en marbre rose, en forme de coquille.
Cette coquille nous rappelle, ainsi que d’autres disséminées dans l’édifice, que Montluel se trouvait sur un chemin conduisant à Saint Jacques de Compostelle.
Notre attention sera attirée, dans la nef centrale par une chaire à prêcher (classée M.H.), exécutée par un certain Bouvier, datée de 1788 et surmontée d’un ange magnifique. Elle est en « scaiol », imitant à s’y méprendre des panneaux de marbre de différentes couleurs.
Les 2 premières travées (côté choeur) sont de style « Gothique », les deux suivantes de style « Renaissance ».
Dans le choeur, on remarque un très beau Christ en noyer sculpté, de l’Ecole Italienne du XVIe, rapporté de Venise.
A droite, un coffre (contenant un coffre-fort) de style gothique, des XV - XVIe s., a été récemment restauré (2008). Il est classé par les Monuments Historiques. Il provient de l'ancien château-fort, puis a été placé dans l'église St Etienne. Il est dans la Collégiale depuis le début des années 1940.
Dans le chevet, au fond de l’abside, une niche sous arcade abrite une statue en bois de la Vierge (XVIIIe) soutenant l’enfant Jésus des 2 mains.
Un grand tableau représente Saint François de Salles (fondateur de l’Ordre de la Visitation), provenant du 2ème Monastère de cet ordre (au fond de la nef centrale, à gauche). On pourra noter qu’après sa mort à Lyon en 1622, sa dépouille fut transférée à Annecy.
Son corps reposa une nuit à l’église Saint Etienne (maintenant disparue), où il fut veillé par les chanoines de Saint Ruf résidant au Prieuré de La Boisse.
Le visiteur (surtout s’il s’arrête le matin) sera surpris par la douceur émanant des vitraux du choeur. Ceux-ci ont été peints par Emile Thibault, maître verrier à Clermont-Ferrand. C’est lors de son passage à Montluel, le 17 août 1851, que Charles Louis Napoléon Bonaparte, Président de la République (Futur Napoléon III) offre un secours à l’église ND des Marais.
De cette époque datent les vitraux des chapelles latérales dont celui du « Voeu des Echevins ». Il décrit bien la scène pathétique de la peste. On y aperçoit la colline avec le château, la chapelle St Barthélémy et la Tour romaine. Celle-ci est devenue en 1869, la base de la Madone.
Ce voeu transmis par les syndics-consuls de la ville à l’Archevêque de Lyon, en le priant de leur obtenir du Souverain Pontife, une autorisation régulière à cet effet.
En 1522, Monseigneur François de Rohan transmit aux autorités de Montluel, une Bulle Papale du Pape Adrien VI qui les autorisait à accomplir leur Voeu, comme ils le désiraient, chaque année, le jour même de la fête de St Marc (l’un des 4 évangélistes) le 25 avril.
Depuis des années, cette procession au St Sacrement se déroule dans la ville, le dimanche le plus près du 25 avril.
Un premier orgue fut installé en 1865 avec l’aide du secours accordé par Napoléon III. Il fut rénové en 1981 .
Un nouvel orgue construit par M. Saby fut inauguré le 27 avril 1996 par M. Michel Chapuis, organiste de réputation Mondiale.
Place de Dombes 01120 Montluel 
