Le prieuré Saint-Jean a été fondé à la fin du XIIe siècle et il est favorisé par des donations, notamment par celles des ducs de Bourbon. En 1295, le prieuré comptait six religieux. En 1317, le pape Jean XXII réforme l'ordre de Grandmont qui doit unir les prieurés trop petits avec d'autres pour mieux les rentabiliser. Saint-Jean est donc uni à la celle de Chavanon, à Combronde, qui devient le prieuré principal, et Saint-Jean une simple celle, servant de ferme. À la Renaissance, il sert de logis à la famille de Saint-Hilaire. L'ancien prieuré était entouré de remparts et d'un fossé, démolis par la suite. Il est transformé en exploitation agricole, rachetée en 1928 par l'État. Un écomusée y est installé à partir de l'an 2000 avec un arboretum.
L'édifice est inscrit au titre des monuments historiques en 1929