Le port de Sète est au 11e rang des ports français avec 3,6 millions de tonnes traitées en 2005. Le port dispose également de trafic important de ferrys avec les pays d'Afrique du Nord.
En 2010, le port de Sète a progressé dans tous les domaines et s'affirme comme une plateforme très performante au niveau national. Avec 3,4 millions de tonnes, le trafic est en hausse de 16 % par rapport à 2009. Les marchandises diverses augmentent de 45 %, les vracs liquides de 13 % et les vracs solides de 10 %.
C'est aussi le premier port de pêche français en Méditerranée (au niveau national, c'est Boulogne-sur-Mer).
Depuis le 1er janvier 2004, le port des Eaux-Blanches a été créé sur le canal du Rhône à Sète, à l'embouchure de l'étang de Thau. C'est une alternative au « port à flot » qui permet de répondre à la demande croissante de place de port.
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