Mentionnée à l'époque romaine dans les itinéraires d'Antonin sous le nom de Calagorris, Saint-Martory est un point de passage et de traversée de la Garonne. La voie romaine évitait le défilé de l'Escalère avec un premier pont au niveau du village actuel puis un second en amont vers l'actuel pont du chemin de fer. Les restes des piliers du pont médiéval sont visibles en aval de l'actuel pont. Celui-ci a été construit à partir de 1724.
Dominico Laffi, pèlerin italien traverse Saint-Martory en 1666 et 1673 sur son chemin de Compostelle. Il écrit : "Jusqu'à Saint Martory, il y a une autre lieue toujours par une plaine qui n'est pas aussi riche que celle traversée auparavant. Passé Saint-Martory, nous avons marché jusqu'à Saint-Gaudens qui se trouve trois lieues plus loin".