Très vallonnée, la commune de Scrignac possède un réseau hydrographique important. La rivière du Squiriou, serpentant dans la vallée non loin de la voie verte, ravit les pêcheurs amateurs de truite fario. On y trouve d’autres espèces comme le vairon, le chabot et la loche. Le saumon atlantique est y également présent pour se reproduire. La pêche est réglementée.