L'Abbaye Cistercienne fût fondée en 1167. De nombreux abbés s'y succédèrent jusqu'à la révolution dont l'abbé de Bonne Combe au 15ème siècle. En 1732, Jean Garanou fit construire une nouvelle église pour laquelle fut sculpté un retable transporté depuis en l'église de Comps.
Après la révolution l'Abbaye fut successivement occupée par les Capucins, les Cordeliers et les chartreux de Rodez. Ces derniers furent expulsés et l'Abbaye et ses domaines furent vendus. L'évêque de Rodez racheta les bâtiments en 1876 et y installa les moines cisterciens d'Aiguebelle.
Ces derniers entreprirent la restauration du site et de l'église qui fut consacrée en 1891. Tour à tour, les moines trappistes prirent possession des lieux avant de céder la place à des moines orthodoxes en 1965 qui eux-mêmes partirent 3 ans plus tard. De 1968 à 1980 un centre de réinsertion sociale prit place dans ces locaux, en 1978 vinrent 10 membres de la communauté de l'Arche, 3 ans plus tard ils étaient 90.
L'abbaye de Bonnecombe est propriété de l'évéché de Rodez. Elle ne se visite pas.