Les cours d’eau traversent le paysage de la commune, la plus importante rivière étant le Semnon qui délimite Thourie au sud. Au nord de la commune serpente le ruisseau de la Planche de Changean et le ruisseau de Gratte-au-Loup tandis que le ruisseau de la Couyère délimite la commune à l’ouest. Le ruisseau de la Fontaine-Courgeon traverse Thourie d’est en ouest avant de rejoindre le Semnon.