La première mention écrite du nom de Moncassin est relevée vers 1156.
Sur une crête surplombant la Petite-Baïse, le village s'est formé autour d'une des principales forteresses comtales.
Il constituait au Moyen Age une des capitales d'un pays qui s'étendait au sud de l'actuel département du Gers, avant que le comte ne crée la bastide de Mirande en 1281 et n'y déplace son château.
Installé à l'extrémité occidentale d'un promontoire calcaire dominant la vallée, le Castéra est une motte castrale parmi les plus remarquables de la Gascogne.
De considérable travaux de terrassement ont remodelé la tête de l'éperon naturel sur lequel on a accumulé des matériaux provenant du vaste fossé creusé à l'est pour isoler du reste du promontoire.
Haut de plus de 10 mètres, cet ouvrage de terre portait une des forteresses du comte d'Astarac: à priori une tour de plan quadrangulaire, comme celle encore en élévation de Miramont d'Astarac.
La fouille archéologique de 1984 a révélé que la tour avait été démantelée jusqu'à ses fondements.
De son passé, Moncassin conserve un riche patrimoine comme en témoignent la motte castrale, le château de Lapalu, l'Hôpital...