Implantée en contrehaut de la vallée de la Lys, à proximité des sites de l'ancienne abbaye et du complexe castral disparus, l'église paroissiale Saints-Pierre-et-Paul a été reconstruite entre 1924 et 1926, suite à la destruction de l'ancien sanctuaire en 1915. Consacrée un an plus tard, sa reconstruction a été menée par l'architecte communal Jean Robert Vanhoenacker, secondé par ses confrères J. Van Beurden et J. Smolderen.
Par son ampleur, par ses qualités architecturales et par son inscription dans le paysage, elle a été rapidement dénommée "Cathédrale de la Lys" et elle est un des bâtiments-phares de la commune.
Elevée sur le plan basilical, elle a été bâtie en béton, briques jaunes et calcaire, et est coiffée de toitures d'ardoises. Résolument inscrite dans le style Art déco par les modénatures mises en œuvre et par le décor intérieur, l'église est conçue comme une œuvre d'art globale. Elle se compose d'une nef de trois travées, introduite par un portail de façade et éclairée par trois verrières hautes, flanquée d'une tour latérale, greffée de bas-côtés et suivie du transept et du chœur cernés par des chapelles et par la sacristie. Montée sur un soubassement saillant en moellons, sa construction est homogène et intègre les moellons de grès de l'édifice antérieur.
Les façades Warneton sont ornées d'arcatures, de jeux de reliefs et de retraits de briques qui apportent une lecture dynamique à l'ensemble. L'intérieur, couvert de coupoles en béton et rythmé de piliers en pierre blanche d'Euville, présente une dynamique similaire avec les structures géométriques et les lignes anguleuses des arcs, des balcons et des consoles de la tribune d'orgues. L'intérêt se porte également sur le mobilier liturgique dessiné par les architectes et réalisé en céramique vernissée par les ateliers de la Maison Helman : banc de communion, lutrin, chaire, autels et confessionnaux s'intègrent totalement au lieu. Renforçant l'homogénéité et la conception globale, les orgues, les vitraux et les ferronneries dont le lustre central est la pièce maîtresse, sont contemporains et participent de la qualité de ce manifeste de l'Art déco.
Lors de la reconstruction en 1924, deux tombeaux polychromés du 14e siècle ont été découverts et ont été replacés dans une crypte située sous la tour. Il s'agit des tombeaux de Robert de Cassel, seigneur de Warneton et d'Anselme Van de Walle, abbé de Warneton. Également sauvées du désastre lors de la guerre, les stalles de style baroque du début du 18e siècle, provenant de l'ancienne église abbatiale et exécutées par L. Gombette, ont été replacées dans le chœur.