Ce village tient son nom des années 1630. La Franche-Comté, encore indépendante, subit les passages ravageant des hordes germaniques et françaises. Les habitants des villages voisins prennent alors l’habitude de monter à ce village perché, pour y trouver des sources non contaminées. Belle-fontaine fut ainsi nommé au sens de la « bonne fontaine », « bonne eau ».