Cette ancienne abbatiale est une construction d’esprit baroque dont le vaisseau, plus modeste, s’inspire de l’église Saint-Loup de Namur. Sa tour carrée, enserrée dans des bas-côtés de faible hauteur, est datée de 1655 et coiffée d’une flèche baroque octogonale, cantonnée de quatre clochetons. L’entrée se fait dans le collatéral nord par un grand portail baroque encadré de colonnes toscanes portant un fronton interrompu surmonté de trois niches, dont celle du centre porte une coquille et les armes de l’abbé Jean Stapleaux (1649-1673). Un long chœur s’est greffé sur une courte nef centrale dans la première moitié du XVIIIe siècle.
L’intérêt principal de l’église se trouve à l’intérieur. La nef est rythmée par des colonnes en marbre gris et calcaire à abaques carrés. Le grand arc triomphal est daté : « D.O.M. / Gloria / 1653 ». Sur le vaisseau principal, les voûtes d’ogives sur doubleaux stuqués retombent sur des consoles datées au premier doubleau « Anno 1661 ». Le plafond de bois est recouvert de caissons peints. Dans le chœur, les stucs classiques sont datés de 1722.
L’ancienne abbaye de Malonne, fondée au VIIe siècle par l’évêque anglais Bertuin et dotée par Pepin dit de Herstal mais dont les bâtiments ne sont pas classés, abrite l’actuel institut Saint-Berthuin.
Classée comme monument le 30 mars 1962