Lors de la guerre de Bourgogne, les Bernois dévastèrent Blamont durant l'été 1473. En juillet 1475, la ville subit de la part des Bourguignons un long siège ; le 31 août de cette année ils prirent d'assaut la place forte qu'ils firent sauter ainsi que le château. Le 28 mai 1477, un traité était conclu à Zurich entre la duchesse Marie de Bourgogne et les cantons suisses, il est décidé qu'Héricourt et Châtelot serait à l'archiduc Sigismond tandis que Blamont et Clémont reviendrait à l'évêque de Bâle. Ce dernier les restituera en 1478 aux Neuchâtel-Bourgogne. Les comtes de Montbéliard reprirent la seigneurie et firent reconstruire le château de Blamont en 1546 qu'ils utilisèrent comme résidence d'été. À partir de 1699 le roi de France s'empara de Blamont et y installa une garnison.