De chaque côté des vallées du Doubs et de l'Ognon, passent deux très anciennes routes commerciales, en laissant le village de Bournois isolé comme une île sur un plateau.
Selon l'ancienne coutume, tous les chemins étaient en ligne droite, mal tenus et impraticables, de sorte qu'à l'époque il était extrêmement difficile d'y arriver.
C'est grâce à ces accidents de terrain qu'en 1815 le village a pu échapper aux allées et venues de l'ennemi. En 1870-71, tandis que les villages voisins étaient dévastés par les Allemands, le village de Bournois n'a été occupé que pendant trois jours, lors de la retraite du général Bourbaki.
La variété du sol permet tous les genres de cultures, d'où la citation : « Bournois peut se passer de ses voisins ». Cela a également contribué à son isolement.