Le polymorphisme de la truite fario a longtemps brouillé sa systématique : les anciens avaient recensé une cinquantaine « d'espèces » différentes. Mais la génétique a eu le dernier mot, il n'y aurait qu'une seule espèce avec trois formes écologiques : la truite de rivière (Salmo trutta fario) qui reste dans les cours d’eau ; la truite de mer (Salmo trutta trutta) qui met en place des mécanismes d’adaptation à l’eau salée et un comportement de banc ; la truite de lac (Salmo trutta lacustres).