L'édifice est préalablement dédiée à Saint-Martin de Celle lorsqu'il appartient à un ensemble monastique bénédictin. Il est un précieux témoin d'art roman qui atteste d'une histoire millénaire. Son style architectural évolue au cours de transformations successives, depuis le 11è s. Ce monastère est fondé avec des moines de l'abbaye d'Alet, en Languedoc, sous Eraclius et Bernard, respectivement évêque et comte de Bigorre (1035-1064). Cette installation monastique bénédictine est stratégiquement située sur la voie de pèlerinage vers Saint-Jacques de Compostelle. L’église succède à un temple gallo-romain, à une basilique paléochrétienne et à une église carolingienne.
Au cours des guerres de religions (1569), les protestants la ruinent ne laissant que des décombres. Peu après la Révolution en 1793, l'église est fermée. D'importants travaux de rénovation sont effectués à la fin du 19è s et plus récemment de 1983 à 1985.
Pour en savoir plus sur son histoire, nous vous invitons à consulter la vitrine double face vous racontant l’histoire du site et de l’église du monastère bénédictin ainsi qu’un dépliant mis à votre disposition sur place.