La Saine ou plus anciennement la «Sène» prend naissance en toute intimité au pied d’un amphithéâtre rocheux sous le versant oriental du massif forestier du Croz Mont. Ses eaux ont parcouru un long trajet souterrain dans des galeries creusées au fil du temps dans le calcaire. Son débit varie, non pas selon les précipitations du jour ou de la veille, mais en fonction de celles tombées plusieurs jours avant sur le massif. Jadis, la source s’écoulait de plus haut dans la faille rocheuse. Aujourd’hui, c’est seulement lors de gros débits, qu’elle réemprunte ses anciennes sorties. Au-dessus de Foncine-le-Bas, les eaux torrentielles et temporaires du Creux des Joyaux, seraient le trop-plein des eaux souterraines de la Saine.