La Saine prend sa source à proximité du village de Foncine le Haut, à 892 m d’altitude. Elle se jette dans la rivière d’Ain après un parcours d’environ 19 km.
Les rares aménagements de la Saine ont permis de maintenir une intéressante diversité d’habitats aquatiques (constitués de gros blocs, galets, graviers…). Conjugués à une qualité et une incontestable fraicheur de son eau, la Saine est une rivière parfaitement adaptée aux besoins de la truite fario.
Elle est ainsi l’une des rivières les plus poissonneuses du département du Jura.