Comme d’autres tourbières jurassiennes, celles des lacs des Mortes et de Bellefontaine témoignent du glacier qui couvrait le Jura il y a vingt mille ans et qui a laissé des moraines aux fonds imperméables. Ces dépressions imperméables se sont remplies d’eau stagnante, et ont été peuplés de végétaux. Sur le sol meuble des tourbières, quelques plantes particulièrement adaptées peuvent croître (Canneberge, Andromède, Linaigrette, Drosera …).