Le faucon pèlerin bénéficie d’une protection depuis 1965. Sur le Parc, un arrêté de biotope permet de garantir sa tranquillité sur les sites de reproduction. Ce rapace est monogame (un seul conjoint) et il est la plupart du temps sédentaire. Cinquante couples vivent actuellement dans les falaises du territoire du Parc naturel régional du Haut-Jura.