La création de la gare est liée à l'ouverture de la ligne franco-suisse, qui constituait un atout important pour le développement du territoire, alors que le réseau routier n'était encore que peu exploitable. C'est pourquoi, entre Dole et Besançon, la lutte fut âpre pour se voir attribuer la tête de ligne. C'est finalement la jurassienne qui l'emporte et l'on inaugure, en 1860, le premier tronçon Neuchâtel - Pontarlier. (PNRHJ - Un tour en ville)