En terrain karstique, les gouffres, ou avens, se forment par la dissolution de la roche calcaire par l'infiltration des eaux naturellement acide dans les fissures. Situé au bord d'une vallée sèche, le gouffre Picard témoigne de la présence ancienne d'un écoulement qui s'infiltrait dans les roches à cet endroit. Souvent, les gouffres sont reliés à un réseau de galeries souterraines où s'écoulent des rivières. Depuis 1987, une coloration prouve que les eaux circulant dans le gouffre Picard ressurgissent 3 km plus loin à la source du Bief Noir, affluent du Flumen entre Septmoncel et Saint-Claude.