Entouré de deux massifs forestiers, Sur les Agrailles au nord, et le Mont des Ifs sur sa frange est, le lac de Narlay est une sorte de grand entonnoir de 40 mètres de profondeur, ce qui en fait le plus profond des lacs jurassiens naturels.Alimenté par une série de petites émergences, ses eaux se perdent par un exutoire souterrrain et alimentent le lac de Chalain situé à 7,5 km à vol d'oiseau.