Fuyant l'Inquisition d'Espagne et du Portugal, 70 à 80 familles de juifs séfarades sont venues s'installer à La Bastide Clairence.
La communauté bénéficiait de sa synagogue et de son propre cimetière, en échange de quoi elle devait fournir un médecin et un apothicaire.
On a recensé 62 tombes dans le cimetière juif. La dalle la plus ancienne daterait de 1610, la plus récente de 1785.
Le cimetière est aujourd'hui propriété du Consistoire israélite de Bayonne.