La commune de Marsalès se situe au Nord de Monpazier, bastide anglaise du XIII°, sur un plateau de partage des eaux entre les vallées de la Garonne et de la Dordogne (la partie Sud-Est de Marsalès a son bassin versant vers le Dropt, la partie Nord-Ouest a son bassin versant vers la Vérone et la Couze). Altitude variant de 150 m à 200 m.