A l'origine, l'église de Pardaillan fait partie d'un prieuré bénédictin. C'est sa chapelle du XVIe siècle qui devient l'église paroissiale du village. Cette église, caractéristique du gothique flamboyant, est orientée et présente la forme d'une croix latine. Son transept, fermé à l'est et au sud, sert de sanctuaire. Lors des guerres de Religion, elle a subi d'importants dommages, le chœur et la chapelle sud ont été détruits, et la nef ainsi que les voûtes ont été en partie démolies. L'édifice a été restauré au cours des siècles suivants.