Les eaux de la Bidouze sont issues d'un vaste réseau souterrain situé sous le massif des Arbailles. Il s'agit en effet d'un collecteur d'eaux de pluie qui s'infiltre dans un milieu karstique avant de sortir de sous terre au niveau de la résurgence. Ces eaux parcourent ensuite pas moins de 82 kilomètres avant de se jeter dans l'Adour au niveau de Guiche.