Construite dès 1068 à la demande du seigneur de Vouvant et grâce aux dons des ducs d'Aquitaine. Accueille en 1141 Aliénor d'Aquitaine. L'abbaye se voit accorder le statut d'abbaye royale et connaît une période de prospérité. S'unissant aux abbayes de Maillezais, Saint-Michel-en-l'Herm, Saint-Maixent et l'Absie, les moines de Nieul entreprennent une campagne d'aménagement du Marais. Les Guerres de Religion causent très vite sa ruine. L'abbaye est peu à peu délaissée, la vie monastique y disparaît. À la suite de la Révolution française, terres et bâtiments sont vendus comme Biens Nationaux. En 1968, le Conseil Départemental de la Vendée rachète l'abbaye puis lance un projet de restauration et de mise en valeur. L'abbaye reste à ce jour l'un des plus précieux témoins du patrimoine religieux bas-poitevin.