En 1834, les Sœurs de la Charité et de l’Instruction chrétienne de Nevers, congrégation fondée en 1680, s’occupent de la bonne marche de l’hospice de Lourdes. Elles étaient vouées à l’instruction des jeunes filles et aux soins des pauvres. Bernadette Soubirous suivit quelques cours d’instruction religieuse, dans la classe des « indigentes », juste avant les Apparitions, au cours desquelles elle se confia à son confesseur, l’abbé Pomian, aumônier de l’hospice. Le 3 juin 1858, elle y fit sa première communion. Après les Apparitions, elle fut admise le 15 juillet 1860 comme pensionnaire, pour la protéger du harcèlement des visiteurs et pour recevoir une éducation. Elle apprit à parler et à écrire le français, ainsi que la couture et la broderie. Les sœurs la formèrent également au métier d’infirmière. Elle demeurait libre de visiter ses parents. Enfin, elle quitta définitivement Lourdes le 4 juillet 1866 pour rejoindre la maison mère au couvent Saint-Gildard à Nevers.
En 1913, l’hospice devient l’hôpital Bernadette.