La maison mère des Chartreux, la Grande Chartreuse en Isère, rachète Vauclaire en 1858 pour y réinstaller des chartreux. Vauclaire connait alors une nouvelle période de prospérité qui sera stoppée en 1905 avec la loi de séparation de l'Eglise et de l'Etat. Les ornements de l’église sont alors vendus aux enchères publiques ou sur les marchés, et il arrive qu'ils se retrouvent chez des particuliers ou dans des églises locales.
De chartreuse à hôpital d’aliénés, le centre hospitalier de Vauclaire est aujourd’hui un établissement de santé important en Dordogne qui prend soin de plus de 10 000 patients.