Au 19e siècle, le moulin de Saint-Jean faisait partie des 3 moulins à eau présents à Saint-Jean-sur-Couesnon. Comme de nombreux moulins en Ille-et-Vilaine, celui-ci a été transformé en minoterie industrielle dans la seconde moitié du 19e siècle pour s’adapter à un système de production de masse au détriment des petits moulins.