Cette commune doit son nom à la présence de plusieurs fontaines, dont une située au cœur du bourg et réputée intarissable, connue en tant que « Fontaine Pérenne ». Ces sources d’eau vive permettaient autrefois d’alimenter un grand nombre de lavoirs. Occupée dès l’époque gallo-romaine, la localité a par la suite été marquée par la présence de l’abbaye cistercienne des Châtelliers, qui s’est implantée au début du XIIe siècle sur les communes de Fomperron et de Chantecorps. Les vestiges conservés se situent sur des propriétés privées. Dans le bourg de Fomperron, l’église paroissiale, dédiée à Saint-Mesme, a été construite au XVe siècle, puis partiellement restaurée à la fin du XVIIe siècle grâce au sieur Sarson, fermier général des Châtelliers. Le clocher actuel, placé à l’ouest, date du XIXe siècle. Certains petits villages de la commune conservent encore quelques logis anciens (par exemple au Marchais ou à Champépin), d’anciens moulins transformés en habitations (à la Guilletière et à l’Altière), ainsi que d’anciens ateliers de forgerons (au Marchais et à la Robelière).