Le pont du Pommier a été bâti dans le courant du XVIIIe siècle.
Il aurait été le théâtre d’affrontements pendant la Révolution, mais on sait peu de choses sur son histoire. Il permettait, au XVIIIe siècle, de rejoindre «deux des plus anciennes et importantes métairies du marais : la Grande Blanchère et la Grande Cheminée. La première est, selon la tradition locale, le premier îlot « poldérisé » et habité du marais, dû à l’initiative vers 1620 de conquérants hollandais.»
Le parapet a sûrement été rajouté au XIXe siècle, tandis que l’écluse voisine, dite « écluse du Pommier », date du XXe siècle.
Inscrit à l’inventaire supplémentaire des Monuments Historiques (ISMH) en juillet 1988, l’ouvrage aurait été reconstruit en 1949. Il est actuellement toujours ouvert à la circulation.