La première église Notre-Dame des Fontaines se trouvait dans le quartier de Coz-Ilis, « vieille église » en breton, non loin du presbytère. Suite à la destruction de l’église Saint-Yves en 1831, elle accueille l’ensemble des offices. Cependant, en 1835, sa vétusté et sa petite taille nécessitent la construction d’un nouvel édifice. C’est le début de la « querelle des deux clochers » : certains veulent la construction de l’église à l’emplacement originel, d’autres, place de la Pompe. Deux lieux de culte sont construits mais c’est finalement l’église néo-classique Notre-Dame des Fontaines, place de la Pompe, qui ouvre au culte en 1842.
Le pardon de Notre-Dame des Fontaines a lieu le troisième week-end de juillet.