L'ancien entrepôt de tabac du XIXème siècle accueille les collections du musée. Les visiteurs peuvent faire ainsi connaissance avec l'univers du port, à la fois dans sa dimension historique et contemporaine. Des corsaires aux pêcheurs à Islande, des dockers aux pilotes, de la goélette au porte-conteneurs: une Histoire, et des histoires à découvrir pour connaître le port. La visite du musée à flot représente quant à elle une occasion unique de se plonger dans la vie des marins, en montant à bord du trois-mâts Duchesse Anne ou du bateau-feu Sandettie, tous deux classés Monuments historiques, ou en s'immergeant dans le quotidien des bateliers à bord de la péniche Guilde.