Élevée à la fin du XIIIe siècle, sa construction se serait étalée de 1272 à 1277. L’église Saint-Jean-de-Malte est le premier édifice gothique construit en Provence et le seul entièrement de ce style à Aix. A l’origine située à l’extérieur de la ville, au milieu des cha mps mais à proximité d’une grande voie passante, la route d’Italie, son architecture est directement inspirée des hospitaliers de Saint-Jean de Jérusalem, qui lui donnèrent son nom.
La construction était en effet dépourvue de grandes ouvertures et les étroites meurtrières des deux hautes tours octogonales en façade font toujours directement écho à cet ordre militaire, qui assurait protection et sécurité aux chrétiens durant les croisades. La façade a donc un aspect sévère, que viendra tempérer la grande rosace, de 4 m de diamètre. L’intérieur, simple et sobre, abritait les sépultures des Comtes de Provence, ce qui explique aussi la grande dimension de l’édifice. Trois remarquables tableaux de trois grands maîtres des XVIIe-XVIIIe et XIXe siècles s’y trouvent : tout d’abord, un Finsonius, représentant la Résurrection du Christ, l’oeuvre la plus ancienne
de Louis Finson répertoriée en Provence (1610), une toile de Michel Serre, L’Apothéose de Saint-Augustin, et enfin un grand Christ en croix, peint par Eugène Delacroix. Le bâtiment voisin, l’ancien prieuré, abrite le musée des beaux-arts depuis 1838, baptisé musée Granet, l’un des plus riches de province. Depuis 1977, Saint-Jean de Malte a retrouvé sa fonction monastique, en accueillant la fraternité des moines apostoliques diocésains de Saint-Jean-de-Malte.