Dés 1205, on trouve trace d’une église à Kergrist mais l’édifice tient sa physionomie actuelle des XIXe et XXe siècles. On trouve toutefois des éléments du XVe siècle, comme le transept sud avec sa fenêtre en arc brisé et la belle porte entre la sacristie et le choeur. C’est au XVIe siècle qu’une chapelle latérale est adossée au flanc nord de la nef. En 1893, l’église est agrandie et un clocher est édifié en 1940.
Comme de nombreuses églises ou chapelles tréviales de Bretagne, l’église Saint-Pierre Saint-Paul, était à l’origine composée d’un enclos paroissial. De l’enclos paroissial de l’église de Kergrist ne subsiste qu’une bande végétale rappelant les limites de l’espace sacré. L’ossuaire autrefois installé sur le mur sud-ouest auprès du porche, a été supprimé dans la première moitié du XIXe siècle.