L’origine della segregazione dei Cagots non é ben definita: era forse legata alla malattia? Durante il medioevo i lebbrosi furono assimilati ai Cagots, ma poi la lebbra divenne un alibi. Ragioni etniche ? Forse discendenti dei Visigoti ? Ragioni religiose ? Per esempio, discendenti dei Mori ?
La loro esistenza é attestata già dal XII secolo con il nome di crestias e le loro segregazione continuerà nei Pirenei fino alla méta del XX secolo.