Dès le XIème siècle, les seigneurs d'Andoins furent des personnages importants puisque second des 12 barons composant la Cour Majour du Vicomte de Béarn.
Le château fut probablement brûlé à la suite d'un complot contre Gaston Febus, auquel participa le baron Raymond d'Andoins. Un siècle plus tard, Jean, autre baron d'Andoins, perdit la vie en trahissant lui aussi les souverains de Béarn.
Dernière héritière de la famille d'Andoins, Diane d'Andoins, dite aussi " la Belle Corisande " Comtesse de Guiche et de Gramont, fut la plus fidèle des maîtresses d'Henri III de Navarre. En ces périodes troublées de guerres de religion, elle joua un rôle politique important et aida financièrement le futur Roi Henri IV à monter sur le trône.
Intelligente et très cultivée, elle fut l'amie de Montaigne
L'église actuelle d'Andoins est aujourd'hui reconstruite sur l'emplacement du château médiéval.